修订和落实大学章程。根据《高等学校章程制定暂行办法》的要求，结合学校实际情况，修订了《上海交通大学章程》。2014年5月教育部核准学校章程，在C9高校中首家获核准。构建了以大学章程为核心的层次清晰、内容规范的管理制度体系，落实和推进依法治校，促进学校科学发展。  

深入推进学校综合改革。学校研判形势、谋划全局，制定综合改革方案，成为继清华、北大之后全国第三个综合改革方案获批的高校。2015年全面启动综合改革，深入推进以综合预算为核心的院为实体改革和以分类发展为核心的人事制度改革，启动人才培养、科技创新、国际化办学、资源配置改革，基本形成符合中国国情的现代大学治理框架。  

激发教师和院系活力。不断完善学术委员会体系，积极落实“教授治学”，建立科学的学术决策机制，将校学术委员会确定为学校学术事项的最高议事机构，统筹行使对学术事务的决策、审议、评定和咨询等职权。健全院系党政联席会议运行机制，不断提升院系治理的科学化水平。实行校院两级学术管理制度，充分发挥教师在学术决策和学术事务管理中的作用。深化校院两级综合预算为核心的院为实体改革，真正实现责、权、利相统一，提高院系的办学积极性和主动性，激发学院办学活力。